光合成細菌の種菌は二次培養、三次培養と回を重ねる毎に細菌密度が減って行くのでしょうか？

あなたが増やした菌の中から、赤色の濃いものを種菌として使い続ければよろしいかと思います。
ただし、培養を終えた菌体の組成は変わる可能性があります。
光合成細菌の培養では、紅色非硫黄細菌、紅色硫黄細菌、緑色硫黄細菌などが入り混じった状態で増えるとされています。
特定の菌株だけを選択的に増やすことは専門家でもかなり手間暇の掛かる難しい作業となります。
私たち素人が培養すると、培養しやすい　紅色非硫黄細菌　の比率が高くなって行くはずです。
なぜなら酸素が混じる培養環境でも良く増えるからです。
それに対して、紅色硫黄細菌、緑色硫黄細菌はともに絶対嫌気（酸素をシャットアウト）の条件が必要ですので、私たち素人の培養では必然的に比率が減って行くのではないかと思います。
アクアリウムに用いるのであれば、硫黄細菌に拘る必要はなく、非硫黄細菌で十分な効果が得られます。

　問題はあの匂いです。
あなたもおそらくご家族からのかなり冷たい視線を感じられているのではないでしょうか。
悪臭は光合成細菌と一緒に増えてしまう雑菌類がもたらすもので、通常の培養方法では避けることができません。
ただし、光合成細菌は紫外線にめっぽう強い細菌です。
光合成細菌は古細菌と呼ばれ、昔から生き続けている菌類の仲間で、オゾン層がなく紫外線が降り注いでいた太古の地球を生き延びてきたつわものなのです。
培養前の種菌に、あるいは培養し終わった段階で、紫外線照射を2時間も行えば、他の雑菌はほとんど殺すことができます。
蛍光灯タイプの紫外線ランプはamazonで15wクラス（45cm水槽用照明に適合）が1,500円前後で買えると思います。
雑菌のほとんどを殺すことができれば、悪臭から解放されるかも知れません。
ただし紫外線は雑菌を殺すのであって、悪臭を消してしまうのではありませんよ。念のため。